Ausbruch der Konflikte
Die erste Erhebung im Bauernkrieg fand am 23. Juni 1524 im Wutachtal bei Stühlingen statt. Sie richtete sich gegen den imSchloss Hohenlupfen regierenden Grafen Sigmund II. von Lupfen. Die Bauern bildeten im Raum St. Blasien ein Fähnlein und wählten als ihren Anführer Hans Müller von Bulgenbach. 1524 kam es auch bei Forchheim in der Nähe von Nürnberg neuerlich zu Unruhen, kurz darauf auch in Mühlhausen bei Erfurt. Am 2. Oktober 1524 verbündeten sich die Bauern im westlichen Hegau. Wenig später zogen 3.500 Bauern in Richtung Furtwangen. In Oberschwaben rund um den Bodensee gärte es schon länger und innerhalb kurzer Zeit bildeten sich im Februar und März 1525 drei bewaffnete so genannte Bauernhaufen: der Baltringer Haufen, der Seehaufen und der Allgäuer Haufen. Der größte der drei war der Baltringer Haufen: mehr als 12.000 Bauern, Bürger und Geistliche sammelten sich innerhalb weniger Tage im Baltringer Ried in der Nähe von Biberach. Auch der Seehaufen in der Nähe von Lindau bestand aus annähernd 12.000 Männern, darunter auch viele einfache Geistliche und Landsknechte. Die 7.000 Allgäuer Bauern, die vor allem gegen den Fürstabt von Kempten aufbegehrten, lagerten bei Leubas.
Ende März 1525 sammelte sich das Heer von Waldburg-Zeil in Ulm. Ein Stück donauabwärts bei Leipheim hatten sich um den Prediger Jakob Wehe 5.000 Bauern versammelt, die im weiteren Umkreis Klöster und Adelssitze plünderten. Das Heer des Schwäbischen Bundes marschierte deshalb nach Leipheim und rieb schon auf dem Weg dorthin einzelne plündernde Bauerngruppen auf. Am 4. April 1525 kam es zur ersten großen Schlacht bei Leipheim, in der der Leipheimer Haufen besiegt wurde. Die Stadt Leipheim musste ein Strafgeld zahlen; Wehe und die anderen Führer des Haufens wurden hingerichtet. Zum Gedenken wurde oberhalb des Biberhackens westlich von Leipheim am Rand der Flur zu Echlishausen an der B10 ein Bauernkriegsdenkmal errichtet.
Ebenfalls Anfang April sammelten sich auch die Bauern aus dem Neckartal und dem Odenwald unter Jäcklein Rohrbach. Zu Ostern 1525 (16. April) lagerte der Neckartaler Haufen bei Weinsberg, wo der hitzköpfige Rohrbach den von den Bauern gehassten Grafen Ludwig von Helfenstein und seine Ritter Spießrutenlaufen ließ. Der schmerzvolle Tod der Adligen durch das Stechen und Prügeln der Bauern ging als die Weinsberger Bluttat in die Geschichte des Bauernkriegs ein. Sie prägte entscheidend das Bild vom mordenden und plündernden Bauern und war einer der Hauptgründe, weshalb sich viele Adlige gegen die Sache der Bauern stellten. Zur Strafe wurde die Stadt Weinsberg niedergebrannt und Jäcklein Rohrbach bei lebendigem Leib verbrannt. Nach der Bluttat von Weinsberg vereinigten sich die Neckartaler und Odenwälder mit dem von dem fränkischen Adligen Florian Geyer geführten Taubertaler Haufen (Schwarzer Haufen) zum starken Heller Lichter Haufen. Die annähernd 12.000 Männer wandten sich unter der Führung des Hauptmanns Götz von Berlichingen gegen die Bischöfe von Mainz und Würzburg und den Kurfürsten von der Pfalz.
Am 12. April stellte die Streitmacht des Schwäbischen Bundes den Baltringer Haufen, der schnell besiegt werden konnte. Die Bauern wurden entwaffnet, und jeder musste ein hohes Strafgeld zahlen.
Am 13. April musste sich Truchsess Georg von Waldburg mit seinem Heer vor dem militärisch recht gut ausgebildeten Seehaufen wieder zurückziehen und traf einen Tag später, am 14. April bei Wurzach auf die eigenen Bauern des Allgäuer Haufens. Er verhandelte mit ihnen und konnte sie überzeugen, ihre Waffen niederzulegen. Im Vertrag von Weingarten vom 17. April machte er dem Seehaufen und dem Allgäuer Haufen Zugeständnisse und garantierte ihnen freien Abzug und ein unabhängiges Schiedsgericht zur Austragung ihrer Konflikte.
Am 16. April sammelten sich die Württemberger Bauern. Die 8.000 Mann starke Truppe rückte in die Stadt Stuttgart ein und zog im Mai weiter nach Böblingen.
Auch bei Hall und Gmünd bildeten sich kleinere Haufen, die 3.000 Anhänger plünderten die Klöster Lorch und Murrhardt und legten die Burg Hohenstaufen in Schutt und Asche. Auch im Kraichgau und Ortenau wurden Klöster geplündert und Burgen niedergebrannt.
Nach dem Erfolg von Weingarten zog das Heer Waldburg-Zeils ins Neckartal. Die Bauern wurden bei Balingen, Rottenburg, Herrenberg und am 12. Mai in der Schlacht bei Böblingen trotz großer Überzahl geschlagen. Anführer Matern Feuerbacher floh daraufhin nach Süden. Ähnlich erging es am 2. Juni den Neckartalern und Odenwäldern bei Königshofen. Im April 1525 trafen sich in Gehren und Langewiesen die Vertreter von zehn Schwarzburger Gemeinden, die den Evangelischen Brüderlichen Bund geschlossen hatten. Sie forderten die übrigen Orte der Grafschaft durch Briefe und Gesandte auf, dem Bund beizutreten und sich den Forderungen der in Gehren versammelten Bauern des Waldhaufens anzuschließen.
Am 23. April 1525 zog der Waldhaufen über Königsee und Paulinzella, wo die Bauern Amt und Kloster plünderten, nach Stadtilm. Die Stadtilmer Bürger setzten am 24. April 1525 den Rat und den Vogt des Schwarzburger Grafen ab und öffneten den aufständischen Bauern die Stadttore. Die Nachricht von diesem Sieg verbreitete sich rasch im Rudolstädter Gebiet, worauf weitere Bauern aus der Schwarzburger Oberherrschaft nach Stadtilm kamen und sich dem Waldhaufen anschlossen. Die vereinigten Schwarzburger Bauernhaufen aus Gehren und Stadtilm zogen vor die Tore Arnstadts und trugen dem Grafen ihre in Zwölf Artikel gefassten bäuerlichen und städtischen Forderungen vor. Angesichts der Streitmacht des auf 8000 Mann angewachsenen Bauernhaufens erkannte der Graf die Zwölf Artikel an, worauf die Hauptleute der Bauern den Abzug und die vorläufige Auflösung des Bauernhaufens veranlassten. Nach der Niederlage der Bauern bei Frankenhausen nahm Kurfürst Johann der Beständige die Zusagen an die Bauern und Stadtbürger zurück. Arnstadt erhielt eine harte Geldstrafe und verlor seine Privilegien. Die Anführer der vereinigten Schwarzburger Bauernhaufen wurden gefangen und am 17. Juni und 9. August 1525 in Arnstadt hingerichtet.
Die Schlacht bei Frankenhausen am 15. Mai 1525 war eine der bedeutendsten Schlachten während des Deutschen Bauernkriegs. In ihr wurden die aufständischen Bauern Thüringens unter Führung von Thomas Müntzer von einem Fürstenheer vollständig besiegt. Müntzer selbst wurde gefangen genommen und am 27. Mai in Mühlhausen enthauptet, nachdem er auf die Festung Heldrungen gebracht und gefoltert worden war.
Am 23. Mai nahm ein Haufen von 18.000 Breisgauer und Südschwarzwälder Bauern Freiburg im Breisgau ein. Nach dem Erfolg wollte der Anführer Hans Müller den Belagerern von Radolfzell zu Hilfe eilen, doch nur wenige Bauern zogen mit ihm; die meisten wollten sich wieder um ihre Felder kümmern. So war deren Streitmacht relativ klein, als sie von Erzherzog Ferdinand von Österreich kurz darauf geschlagen wurden. Waldburg-Zeil traf am 4. Juni bei Würzburg auf den Hellen Lichten Haufen der fränkischen Bauern, und da dieser am Vortag von Götz von Berlichingen unter einem Vorwand verlassen wurde, hatten die führerlosen Bauern keine Chance. In zwei Stunden wurden 8.000 Bauern getötet.
Nach diesem Sieg wendeten sich die Truppe des Bauernjörg wieder nach Süden und besiegten im Allgäu Ende Juli die letzten Aufständischen. In vier Monaten hatte die Armee des Georg Truchsess von Waldburg-Zeil mehr als 1.000 km zurückgelegt.
Etliche kleinere Aufstände wurden ebenso niedergeschlagen; so wurde am 23./24. Juni 1525 in der Schlacht bei Pfeddersheim die im pfälzischen Bauernkrieg aufständischen Haufen vernichtend geschlagen. Bis September 1525 waren alle Gefechte und Strafaktionen abgeschlossen. Kaiser Karl V. und Papst Clemens VII. dankten dem Schwäbischen Bund für sein Eingreifen.